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NANOG对胚胎干细胞干性的维持至关重要。NANOG能够与Sox2、Oct4共同作用，通过形成一个表达特异基因的转录网络，维持胚胎干细胞的自我更新能力，并抑制胚胎干细胞的分化。
鼠胚胎干细胞中Nanog的过表达能够使这类细胞能够在无白血病抑制因子（Leukemia inhibitory factor, LIF）的环境中维持的自我更新能力，过表达NANOG的人胚胎干细胞能够在多次传代后仍然保持干性。敲低Nanog基因的表达能够促进胚胎干细胞的分化。
如果Nanog蛋白不表达或失去功能，鼠胚胎干细胞会分化成其他类型的细胞。
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