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1926年，李汝祺回国，应蔡翘教授之聘，在上海复旦大学新成立的生物系任副教授。1927年应聘为燕京大学生物系教授，后兼系主任。在燕京大学，他把摩尔根学派细胞遗传学的理论和方法系统地介绍到中国，培养了一批后来在国际上知名的生物学家和遗传学家。同时创建细胞遗传学实验室，取得不少富有特色的研究成果。1942--1945年，李汝祺在中国大学生物系任教授兼主任，1945年秋进入北京大学医学院解剖科任教。两年后转北京大学理学院动物系任教授兼医预科主任。
1948年，李汝祺为了解国际上将种群遗传学和数理统计结合起来进行研究的最新成就和方法，以客籍教授身份赴英国伦敦大学约翰·伯顿·桑德森·霍尔丹的实验室工作。1949年夏回到北京。此后一直在北京大学的动物系和以后的生物系任教授。
1950年代前期，因李汝祺不认同李森科学派的学说，他曾一度被停止遗传学教学和科研。1956年青岛遗传学座谈会召开后，李汝祺及其学生在北京大学生物系下创建细胞学及遗传学专业，李本人任细胞学及遗传学教研室主任，研究领域包括小鼠发生遗传学、摇蚊胚胎发育与基因表达、原核生物遗传学、细胞超微结构、细胞离体培养、脊椎动物性染色体，以及脊椎动物系统发育与同工酶演变。在这一期间，李曾出版《细胞遗传学的基本原理》、《发生遗传学》等著作。1950年李汝祺被选为中国动物学会第一任理事长。1978年10月，被选为中国遗传学会第一任理事长，并兼《遗传学报》编委主任。1991年4月李汝祺逝世。
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